Для багатьох павукоподібниххарактерний високий ступінь концентрації нервової системи, який залежить від скорочення довжини їхнього тіла та злиття сегментів. Головний мозок складається із двох відділів – переднього та заднього.
Найменше концентрована нервова система у скорпіонів. Вона складається з надглоткового та підглоткового гангліїв, що з’єднані короткими товстими конективами (навкологлоткове нервове кільце), та довгого черевного стовбура з сімома гангліями. У павуків підглотковий ганглій і ганглії черевного стовбура зливаються в єдину гангліозну масу. (Мал.9). У кліщів усі ганглії зливаються в єдине гангліозне тіло (синганглій), розміщене навколо стравоходу.
Органи зору у павукоподібних представлені простими очима на верх ньому боці голово-грудей. Кількість їх різна: у скорпіонів – від 3 до 6 пар, у павуків – найчастіше 4 пари. Зір у більшості павукоподібних обмежений, і вони здатні сприймати лише інтенсивність світла та рух.
На тілі і кінцівках є численні, різні за будовою та функціями, чутливі волоски (органи дотику, коливання повітря, смаку, нюху).