Попри відносну простоту організації файлові системи мають цілий ряд недоліків. Головними з них є такі.

1. Надмірність даних. Файлові системи характеризуються значною надмірністю, оскільки нерідко для розв'язування різних задач управління використовуються одні й ті самі дані.

2. Дублювання даниху різних файлах зумовлює неекономне використання пам'яті на зовнішніх запам'ятовуючих пристроях і призводить до того, що інформація одного й того самого об'єкта управління розподіляється між багатьма файлами.

3. Неузгодженість даних. Сутність цього недоліку полягає в тому, що, як уже зазначалося, при файловій організації ІЗ одна й та сама інформація може розміщуватись у різних масивах. При цьому технологічно складно простежити за внесенням змін одночасно в усі масиви. Через це може виникнути неузгодженість даних, коли одне и те саме поле в різних масивах може мати різні значення.

4. Залежність структур даних і прикладних програм. При файловій організації логічна та фізична структура файлу має відповідати її опису в прикладній програмі. Прикладна програма має бути модифікована при зміні логічної чи фізичної структури файлу. Але з огляду на те, що зміни в одній програмі часто потребують внесення змін до інших інформаційно пов'язаних програм, а іноді простіше створити нову програму, ніж вносити зміни до старої, то цей недолік файлових систем спричинюється до значної збільшення вартості супроводу програмних засобів (зауважимо, що в ряді випадків вартість супроводу програмних засобів досягає 70 % вартості їх розробки).

Розвиток засобів обчислювальної техніки, створення запам'ятовуючих пристроїв прямого (безпосереднього) доступу створили передумови для вирішення проблем незалежності, неузгодженості і надмірності даних, а також сприяли створенню нової концепції організації ІЗ — концепції інтеграції даних, яка дістала назву автоматизованого банку даних (АБД).

Головні переваги організації ІЗ у вигляді АБД такі:

1. Багаторазовість використання даних: одні й ті самі дані можуть використовуватися для розв'язування різних задач.

2. Економія витрат на створення й ведення ІЗ: організації ІЗ у вигляді БД характеризується нижчою вартістю на створенні і меншими витратами на внесення змін в БД, оскільки зміни на фізичному рівні не потребують внесення змін до прикладних програм.

3. Зменшення надмірності даних. Необхідність розв'язуванні нових задач забезпечується здебільшого за рахунок існуючих файлів у БД, а не шляхом створення нових файлів. Дублювання даних у БД потрібне лише для забезпечення оперативності пошуку даних і організації зв'язку між файлами БД. Таке дублювання не є надмірним.

4. Швидкість обробки не передбачених запитів до системи. Для обробки таких запитів найчастіше не вимагається створення нової програми мовами програмування, оскільки ці процедури виконуються за допомогою спеціальних мовних засобів (мови запитів і мови генерації звітів), які входять до складу СУБД.

5. Простота і зручність внесення змін за рахунок єдиної системи ведення БД, яка підтримується засобами СУБД.