Компьютерные программы MeChem и ChemNet

Программа MeChem генерирует из исходных веществ интермедиаты при большом объеме заданных ограничений и правил до тех пор, пока не получатся продукты и итоговые уравнения каталитической реакции. Программа генерирует простейшие механизмы реакций. Программа ChemNet использует банк обобщенных трансформаций, т.е. ЭС, записанных в общем виде. В зависимости от поставленной задачи трансформации могут быть записаны с различной степенью обобщения. Например, ЭС (4)

(4)

можно записать в виде трансформации

(5)

и тогда этой трансформации будут подвергаться все интермедиаты со связью M-O. Программа узнает в каждом интермедиате фрагмент, который может участвовать в той или иной трансформации:

Трансформации отбираются исследователем для генерации механизмов (РС) изучаемой реакции. Размерность РС зависит от числа выбранных трансформаций и от степени обобщения, заложенной при выборе трансформации (Приложение к разделу 4).

Программа ChemComb. Формализованная комбинаторная программа, также основанная на банке трансформаций. Позволяет получить полный набор механизмов, возможных на выбранном множестве трансформаций. Разберем подробнее алгоритм действия этой программы, который может быть реализован без компьютера.

Получим набор простейших механизмов реакции (1), протекающей с участием металлокомплексных катализаторов М. Для осуществления реакции (1) необходимо провести минимальный набор следующих преобразований исходных молекул с участием катализатора:

Набор кодов операций АБВГ представляет собой минимальную формулу превращений, которая и даст минимальный механизм. Для более полного набора механизмов можно еще разорвать связь С-Н в ацетилена и образовать 2 связи С-Н. Тогда и формула превращений будет сложнее и число комбинаторных вариантов больше. Имея формулу превращений, выбираем из библиотеки стадий трансформации, записанные в обобщенной форме (Приложение к разделу 4).

Код А

A₁

A₂

A₃

A₄Г₁

В этой трансформации одновременно реализуются две операции – разрыв HCl (A) и образование С-Н (Г)

A₅

(стадия без участия М)

Код Б

Б₁В₃

Б₂Г₃

Б₃Г₅

Б₄

При выборе трансформаций важно проследить, чтобы при образовании каких-либо веществ (H⁺, Cl^–, и др.) были записаны и стадии, в которых эти вещества являются реагентами.

Код В

В₁

В₂

В₄

Код Г

Г₂

Г₄

Из выбранных трансформаций, т.е. из полученных кодов набираем простым комбинаторным путем все возможные комбинации, обеспечивающие выбранную формулу превращений АБВГ.

А₁В₁Б₂Г₃ А₂В₁Б₂Г₃

А₁В₁Б₃Г₅ А₂В₁Б₄Г₅

А₁В₁Б₄Г₂ А₂В₁Б₄Г₂

А₁В₁Б₄Г₄ А₃В₁Б₄Г₄

А₁В₂Б₂Г₃ А₂В₂Б₂Г₃

А₁В₂Б₃Г₅ А₂В₂Б₄Г₅

А₁В₂Б₄Г₂ А₂В₂Б₄Г₂

А₁В₂Б₄Г₄ А₃В₂Б₄Г₄

А₁В₃Б₁Г₂ А₂В₃Б₁Г₁

А₁В₃Б₁Г₄ А₂В₃Б₁Г₄

А₁В₄Б₂Г₃ А₂В₄Б₂Г₃

А₁В₄Б₃Г₅ А₂В₄Б₄Г₅

А₁В₄Б₄Г₂ А₂В₄Б₄Г₂

А₁В₄Б₄Г₄ А₃В₄Б₄Г₄

и т. д.

Всего получается 60 наборов. Полученные наборы необходимо проанализировать, чтобы установить, имеют ли полученные комбинации химический смысл – имеется стыковка по интермедиатам, образуются целевые продукты, образуется исходная форма катализатора.

Рассмотрим 2 примера.

А₁В₁Б₂Г₃

А₁

Б₂Г₃

В₁

Механизм может быть интерпретирован, имеет химический смысл:

А₃В₁Б₂Г₃

А₃

Б₂Г₃

В₁

Механизм не имеет химического смысла, так как нет образования МН, нет расхода Н⁺, нет стыковки по интермедиатам.

Из 60 комбинаций только 10 механизмов имеют химический смысл, но это полный набор гипотез для выбранного набора трансформаций.

Рассмотрим примеры использования компьютерных программ для выдвижения гипотез о механизмах и их дискриминации в Лаборатории кинетики и катализа кафедры Химии и технологии основного органического синтеза МИТХТ им. М.В.Ломоносова.

Для выдвижения гипотез о механизмах синтеза акриловой кислоты по реакции

(6)

в растворах комплексов палладия использовали 11 трансформаций:

1.

2.

3.

4.

5.

6.

7.

8.

9.

10.

11.

С помощью программы ChemNet получили реакционную сеть из 160 элементарных стадий, а программа MeChem “вырезала” из сети 35 механизмов синтеза акриловой кислоты (реакция 6), среди которых были все известные механизмы и ряд новых гипотез. Четыре гипотезы из наиболее интересных представлены ниже:

При изучении механизма реакции

использовали программу ChemComb. Было выбрано 20 ЭС из базы данных (библиотеки стадий) и получено 46 механизмов, которые разделились на 4 группы:

I. 6 механизмов с участием промежуточного этилена;

II. 22 механизма с промежуточной акриловой кислотой;

III. 8 механизмов с промежуточным малеиновым ангидридом;

IV. 10 механизмов с промежуточными металлоорганическими соединениями.

После дискриминации этих гипотез химическими методами, в результате, измерения кинетических изотопных эффектов и H/D-обменов осталось два механизма, для которых получены кинетические уравнения.

Общий вывод: выдвижение гипотез любым методом, включая обобщение литературных данных, является необходимым этапом, позволяющим планировать весь комплекс дискриминирующих экспериментов, направленных на выбор адекватной кинетической модели. При получении реакционный сетей можно использовать их для “вырезания” наборов минимальных механизмов.

Приложение

Библиотека стадий

1. Образование С–Н	2. Разрыв С–Н
3. Образование С–С	4. Разрыв С–С
5. Образование С–Х (X – Hal)	6. Разрыв С–Х (X – Hal)
7. Образование О–Н	8. Разрыв О–Н
9. Образование H–X	10. Разрыв H–X
11. Образование С–О	12. Разрыв С–О
13. Образование Н–Н	14. Разрыв Н–Н
15. Образование О–О	16. Разрыв О–О
17. Образование С=С	18. Разрыв С=С ® С–С
19. Образование С=О	20. Разрыв С=О ® С–О
21. Разрыв СºС	22. Разрыв СºО
23. Разрыв О=О

Вопросы для самоконтроля

1) Назвать формализованные методы выдвижения гипотез.

2) Объяснить алгоритм программы ChemComb.

3) Составьте простейшую формулу превращений для реакций

4) Пользуясь библиотекой стадий предложите механизмы реакций

5) Предложите механизм кислотнокатализируемой реакции

Литература для углубленного изучения

1. Брук Л.Г., Зейгарник А.В., Темкин О.Н., Вальдес-Перес Р.Е., Методы выдвижения гипотез о механизмах сложных реакций, Учебное пособие, М., МИТХТ, 1999 г., 90 с.

2. Зейгарник А.В., Брук Л.Г., Темкин О.Н., Лихолобов В.А., Майер Л.И., Исследование механизмов реакций с использованием компьютерных программ, Успехи химии, 1996, 65, №2, с. 125 – 139.

3. Шалгунов С.И., Зейгарник А.В., Брук Л.Г., Темкин О.Н., Компьютерная генерация сетей химических реакций. Использование в исследованиях механизмов металлоорганического катализа, Известия АН, сер. хим., 1999, №10, с. 1891 – 1898.

4. Темкин О.Н., Зейгарник А.В., Кузьмин А.Е., Брук Л.Г., Сливинский Е.В., Построение реакционных сетей гетерогенных каталитических реакций: синтез Фишера-Тропша и родственные реакции, Известия АН, сер. хим., 2002, №1, с. 1 – 34.

5. Брук Л.Г., Ошанина И.В., Козлова А.П., Одинцов К.Ю., Темкин О.Н., Механизмы синтеза малеинового и янтарного ангидридов карбонилированием ацетилена в растворах комплексов палладия, Известия АН, сер. хим., 1998, №6, с. 1104 – 1115.

6. Брук Л.Г., Городский С.Н., Зейгарник А.В., Вальдес-Перес Р.Е., Темкин О.Н., Известия АН, сер. хим., 1999, №5, с. 882 – 889.