Номенклатура мутаций
В 1992 г. американскими учеными Артуром Боде и Лап-Чи Тсуи была предложена универсальная стандартная система для обозначения разных мутаций. Она рассчитана как на запись аминокислотных замен в белках, так и на нуклеотидные замены и перестановки в ДНК. В первом случае каждой аминокислоте соответствует однобуквенный символ (табл. № 14.4.1), слева записывается нормальный вариант аминокислоты, справа - мутантный, а расположенный в центре номер соответствует месту замены в цепочке первичного продукта трансляции.
Таблица № 14.4.1
Обозначение аминокислот
Трехбуквенное обозначение | Аминокислота | Однобуквенное обозначение | Трехбуквенное обозначение | Аминокислота | Однобуквенное обозначение |
Ala | Аланин | (A) | Leu | Лейцин | (L) |
Arg | Аргинин | (R) | Lys | Лизин | (K) |
Asn | Аспарагин | (N) | Met | Метионин | (M) |
Asp | Аспарагин.к-та | (D) | Phe | Фенилаланин | (F) |
Cys | Цистеин | (C) | Pro | Пролин | (P) |
Gln | Глутамин | (Q) | Ser | Серин | (S) |
Glu | Глутамин.к-та | (E) | Thr | Треонин | (T) |
Gly | Глицин | (G) | Trp | Триптофан | (W) |
His | Гистидин | (H) | Tyr | Тирозин | (Y) |
Ile | Изолейцин | (I) | Val | Валин | (V) |
Например, запись N44G означает замену аспарагина на глицин в 44-м положении полипептидной цепи, а А6559 - аланина на глутамин в положении 655 белкового продукта. Так записываются различные варианты аминокислотных замен при миссенс-мутациях. Буквой Х обозначается место остановки синтеза полипептидной цепи при нонсенс-мутациях. Например, G39X означает замену глицина на стоп-сигнал в 39-м кодоне, a W1282X - триптофан-триплета на стоп-кодон в положении 1282. Отсутствие одной или нескольких аминокислот обозначают значком дельта. Так, наиболее частая мутация, приводящая к муковисцидозу, дельтаF508 - означает отсутствие фенилаланина в 508-м положении трансмембранного регуляторного белка муковисцидоза.
Полиморфизмы, связанные с равноценной по функциональной значимости заменой аминокислот, записывают через косую черту. Например, M/V470 - метионин или валин в положении 470.
Принципиальная схема записи и нумерации нуклеотидов приведена на рис. 14.4.1.
Рис. 14.4.1. Принцип нумерации нуклеотидов в гене.
Отсчет нуклеотидов в молекуле ДНК начинается с первого смыслового кодона, так что нуклеотид под номером +1 соответствует первому нуклеотиду в молекуле кДНК. Вверх по течению (или справа налево от 3' к 5'-концу) от первого кодона нуклеотиды записывают со знаком "-", вниз по течению (от 5' - к 3') - со знаком "+". Для многих генов отсутствие точных данных о положении инициирующего сайта и наличие нескольких мест инициации транскрипции существенно затрудняют нумерацию нуклеотидов.
Нуклеотиды экзонов обозначают заглавными буквами, интронов - прописными.
В табл. № 14.4.2 даны примеры обозначения различных мутаций с использованием как аминокислотной, так и нуклеотидной нумерации.
Таблица № 14.4.2
Примеры обозначения мутаций в гене муковисцидоза
Название | Изменения в нуклеотидах | Позиция | Изменения в аминокислотах | Позиция | Экзон |
Миссенс | |||||
D44G | A-G | Asp-Gly | |||
A455E | C-A | Ala-Glu | |||
S549(A-C) | A-C | Ser-Arg | |||
S549(T-G) | T-G | Ser-Arg | |||
Нонсенс | |||||
Q39X | C-T | Gln-Stop | |||
W1282X | G-A | Trp-Stop | |||
Вставка, делеция, сдвиг рамки считывания | |||||
delF508 | Делеция 3 п.о. | 1652-1655 | Делеция F | ||
241delAT | Делеция AT | Сдвиг рамки | |||
852del22 | Делеция 22 п.о. | Сдвиг рамки | 6a | ||
1154insTC | Вставка TC | Сдвиг рамки | |||
Сплайсинг | |||||
621+1G-T | G-T | 621+1 | 5`-сигнал | Интрон 4 | |
622-2A-C | A-C | 622-2 | 3`-сигнал | Интрон 4 | |
3849+10kbC-T | C-T | Ошибочный сплайсинг | Интрон 19 | ||
Полиморфизмы | |||||
M/V470 | AG | M или G | |||
1716G/A | GA | Без изменений | |||
125G/C | GC | 5`-нетранслируемаяя область | - | - |
Нуклеотидная система записи особенно важна для обозначения делеций, инсерций, сплайсинговых мутаций и полиморфизмов, не связанных с заменами аминокислот или происходящих в нетранслируемых частях гена. В случае делеции или инсерций одного или двух нуклеотидов приводится их буквенное обозначение. Например, 441delA, 485insTA. При делеции или инсерции трех и более нуклеотидов указывается только их число. Так, 852del22 означает делению 22 нуклеотидов, начиная с 852-го нуклеотида, a 3320ins7 обозначает вставку 7 пар оснований после нуклеотида 3320. В случае больших вставок или делеций их размеры указываются в килобазах, например, 2115 ins 13kb, или обозначаются соответствующие инсертированные/делетированные структурные элементы генома. Так, 2115insAlu означает инсерцию Alu-повтора после нуклеотида 2115.
При обозначении сплайсинговых мутаций записывают номер крайнего нуклеотида в ближайшем к мутации экзоне, число нуклеотидов (со знаком "+" в случае 3'-конца экзона и со знаком "-" в случае 5'-конца) и характер нуклеотидной замены. Например, запись 711+5G-T обозначает замену G на Т в 5-м основании интрона, следующего за экзоном, заканчивающимся 711-м нуклеотидом.
Дата добавления: 2022-07-20; просмотров: 123;